微波殺菌設備應用于各類飲料、礦泉水、純凈水、酒等的殺菌、防腐、防氧化、、保鮮等。可以使殺菌后的果汁飲料達到商業無菌的要求；可以滿足設定的產量。
    微波殺菌設備的殺菌原理：
一、熱效應：當食品處于微波場中，極性分子快速轉動，分子之間互相磨擦，產生熱量，從而殺滅繁殖體、霉菌及其孢子。
二、非熱效應：在微波場內，核酸和蛋白質可產生變異，使微生物的死亡，構成微波的殺菌原理非熱效應。醫學研究發現，微波可影響、干擾DNA正常的復制、轉移、合成和修飾等活動；食品研究發現，食品中常見的酶類對微波較為敏感；從細胞生物學角度分析，在微波場中，細胞膜（或細胞壁）可以發生機械性損場，使細胞內物質外漏，影響其生長繁殖。
    微波殺菌設備產生的溫度僅代表食品吸收微波的量，并不是靠熱量殺菌的，所以微波殺菌設備并不需要太高的溫度，從而可以的保持產品的感官性狀及營養價值。這就是它的價值所在。