微波殺菌設備適用于食品領域的各種物料殺菌。比如說：調味品、添加劑、雞粉、蛋白粉、肉制品、魚制品、海產品等物料。微波殺菌設備常規的熱力殺菌是通過熱傳導、對流或者輻射方式將熱量從物料的表面傳至內部，要達到殺菌的溫度，往往需要很長的時間。而微波殺菌設備則是通過微波能與物料中等微生物直接反應，熱效應和非熱效應共同作用，達到快速升溫的目的，處理時間大大地縮短。各種物料的殺菌時間一般是在3到5分鐘，殺菌溫度在70至90°。其特點是時間短，速度快，殺菌均勻，低溫殺菌，可以保持物料的營養成分和風味，節能，設備操作很簡單，可控性好，工藝先進等。

    微波殺菌設備可分為包裝后殺菌和包裝前殺菌。包裝容器不能用金屬質地的，需要用介質材料，一般是用塑料軟包裝或者玻璃，工程塑料質地容器為 。為了防止在微波殺菌過程中漲袋，設備可以在工作倉內施加壓力采用反壓殺菌工藝，可防止漲袋的損失。